昭和38年頃、中央高速自動車道の建設にともない、市内宇津木町向原遺跡の発掘が行われ、多くの土器や石器が出土しました。 それを契機に、八王子の歴史資料を収集・保存しようという市民運動が起きました。 昭和39年には、市内の陶芸家井上郷太郎氏が収集した貴重な考古資料約1000点(井上コレクション)が市に寄贈され、ますます貴重な資料を保存・公開する施設を求める市民の声が高まり、東京オリンピック開催の記念事業の一つとして、展示・収蔵施設が建設されることになりました。 こうして、昭和42年4月1日に八王子市郷土資料館が開館しました。翌年には、博物館法により登録を受けました。 市内出土の考古資料や、市内で使われていた民俗資料などを調査・研究・収集・展示し、郷土の歴史を知る場として、多くの人々に利用されています。 令和３年６月、展示場名を桑都日本遺産センター 八王子博物館とし、JR八王子駅南口直結のサザンスカイタワー八王子へ移転し、都内で唯一の日本遺産ストーリーについて情報発信しています。 また、令和８年秋ごろには、八王子駅南口集いの拠点に歴史・郷土ミュージアム（仮称）として移転・開設します。